Inaugurado a 2 de julho de 1945, com a presença de Getúlio Vargas, então Presidente da República, o Aquário Municipal de Santos foi uma iniciativa do Prefeito Antonio Gomide Ribeiro dos Santos. Com 1.000 m2 de área e 50 tanques, foi o primeiro e maior aquário brasileiro, figurando como tal no Guiness Book de Records, em 1995.
Em 1997 o Aquário sofreu uma reforma: perdeu tanques, mas ganhou um auditório e mais espaço para o setor técnico. Até julho de 2004, o Aquário possuía 35 tanques com capacidade para mais de 200 mil litros de água, onde viviam cerca de 70 espécies diferentes, num total de 300 animais.
